Согласно действующему законодательству нельзя одновременно применять УСН и общий режим налогообложения. Такое пояснение содержится в письмах Минфина России от 8 сентября 2015 г. № 03-11-06/2/51596, от 18 марта 2013 года № 03-11-12/33 и от 1 августа 2011 года N 03-11-10/48. Кроме того, каждый из этих режимов применяется в отношении всех видов деятельности, которые ведет налогоплательщик, а не отдельных (п. 1, 3 ст. 346.11 НК РФ). Поэтому совмещать "упрощенку" и общую систему нельзя. Аналогичного мнения придерживаются и судьи (определение Конституционного Суда РФ от 16 октября 2007 г. № 667-О-О, постановление ФАС Уральского округа от 20 сентября 2012 г. № Ф09-8584/12).

А вот с ЕНВД или ПСН упрощенную систему налогообложения совмещать правомерно (п. 1 ст. 346.43, п. 1 ст. 346.26 НК РФ, письмо Минфина России от 21 апреля 2011 г. № 03-11-06/2/63).

Мы рекомендуем организациям и предпринимателям быть внимательными в этом вопросе. Возможно, вашу деятельность можно перевести на какой-либо из данных режимов налогообложения, конечно, если он введен в вашем регионе и деятельность подпадает под него.

Если же вам важно разграничить виды бизнеса именно по режимам общей системы и УСН, по нашему мнению,лучше выделить новую деятельность в самостоятельную организацию. То есть зарегистрировать на нее отдельную фирму. Тогда в отношении каждой формы бизнеса будет применяться своя система налогообложения и совмещения не будет.