Вмененный доход нельзя уменьшить на имущественный вычет

Однако, если ИП имеет другие доходы, которые облагают по ставке НДФЛ 13%, то он может воспользоваться  имущественным вычетом.

Связано это с тем, что доходы, которые облагаются НДФЛ-ставкой 13%, можно уменьшить на имущественные налоговые вычеты (п. 3 ст. 210, п. 1 ст. 224 НК РФ). Право на имущественный вычет имеют физлица, в том числе, индивидуальные предприниматели.

Однако ИП, применяющие ЕНВД, не платят НДФЛ по доходам, которые они получают от вмененной деятельности (п. 4 ст. 346.26 НК РФ).

А раз так, то к доходам ИП, которые он получает от вмененной деятельности, имущественные налоговые вычеты по НДФЛ (в частности, по расходам на приобретение квартиры), не применяют.

Иначе обстоит дело, если ИП имеет дополнительные доходы не от ЕНВД-бизнеса, которые облагают НДФЛ по ставке 13%. В этом случае он может уменьшить сумму таких доходов на имущественный вычет.
Это правило работает не только в отношении «вмененщиков», но и ИП на УСН и ПСН.