Должная осмотрительность при заключении договоров и проверке контрагентов

Во-первых, глубина проверки продавца должна определяться в зависимости от конкретного договора.

Если сделка разовая и незначительная, к примеру, закупка МПЗ, то можно ограничиться проверкой сведений по ЕГРЮЛ и сверкой паспортных данных руководителя.

Если же договор крупный и длительный, то при выборе контрагента нужно оценить и условия сделки, и их коммерческую привлекательность и деловую репутацию и платежеспособность, чтобы минимизировать риск неисполнения обязательств. При крупной сделке покупатель должен проверить наличие у контрагента производственных мощностей, технологического оборудования, квалифицированного персонала, а также и соответствующего опыта.

Во-вторых, это проверка возможной фиктивности контрагента, когда за него всю работу выполняют другие лица.

Если поставщик официально перепоручил выполнение обязательств по сделке третьему лицу на основании реального договора или соглашения, то за покупателем сохраняется право на вычет (п. 2 ст. 54.1 НК РФ). 

Если же третье лицо действует без каких-либо правовых оснований, инспекция вправе отказать в вычетах.

Таким образом, снять вычеты инспекция может в случае, когда доказано, что покупатель знал или должен был знать о недобросовестном поведении продавца.

А знать об этом можно в случае взаимозависимости или аффилированности сторон договора. То есть это третье обстоятельство, которое может может стать основанием для отказа в вычете НДС.